양도소득세는 양도가액에서 취득가액 등 필요경비를 제외한 양도차익을 과세대상으로 하며 양도 차익에서 장기보유특별공제와 기본 공제를 적용한 금액이 과세표준이 된다.

장기보유특별공제란 부동산 양도의 경우 물가 상승으로 인하여 양도 차익이 과도하게 누적되는 것을 감안하여 일정 기간 이상 보유한 부동산 양도에 있어 보유 기간에 따라 일정률을 양도차익에서 공제하여 주는 제도이다.

이 제도는 장기간 형성된 소득이 양도시점에 실현된 것으로서 물가상승분을 공제해 주는데 그 취지가 있다.

장기보유특별공제의 적용 대상은 보유 기간이 3년 이상인 등기된 토지와 건물, 그리고 조합원 입주권에 한한다. 조합원 입주권은 관리처분계획 인가 전의 토지 또는 건물분의 양도차익에 한정하여 적용한다.

장기보유특별공제 금액은 양도차익에서 보유기간에 따른 공제율을 곱하여 계산된다. 일반적인 토지와 건물, 조합원 입주권의 경우는 3년이상 보유시 6%를 공제하며 1년 단위로 2%씩 증가하여 15년 이상 보유한 경우에 최대 30%를 공제 받을 수 있다. 또한 3년 이상 보유한 1세대 1주택에 해당하는 경우는 특별히 3년 보유할 때 24%를 공제하며 매년 8%씩 증가하여 10년 이상 보유하는 경우 최대 80%를 공제 받을 수 있다. 세법개정으로 종전에는 거주요건에 상관없이 특별공제를 적용 받았으나 2020년 1월 1일 이후 양도하는 1세대 1주택 고가주택 (양도가액 9억원 이상)의 경우에는 2년 거주 요건을 충족한 경우에 한하여 장기보유특별공제를 적용 받을 수 있게 되었으므로 유의를 해야 한다.

특히 서민 주거안정을 위해 장기 임대주택을 활성화하기 위해 조세특례제한법에서는 일정 요건을 장기임대주택을 양도하는 경우에는 추가적인 장기보유특별공제 혜택을 부여한다.

그 첫째는 2018년 3월 31일까지 임대주택에 등록 및 세무서에 주택임대 사업자등록을 하고 8년 이상 계속하여 임대한 후 양도하는 주택에 대하여, 임대개시일 당시 6억원 이하 (수도권 밖은 3억원 이하)의 국민주택규모 이하의 주택을 임대료의 연 증가율이 5%를 초과하지 않은 경우, 임대한 주택에 대해서는 70%의 장기보유특별공제율을 적용한다.

둘째로는 공공매입임대주택으로서 일정 요건을 충족하는 장기임대주택과 주택임대사업자 등록을 하고 6년 이상 임대한 후 양도하는 주택에 대해서는 일반적인 장기보유특별공제율에 일정률을 더한 공제율을 적용한다.

즉 6년 이상 임대한 경우 2%를 가산하며, 1년마다 2%씩 추가 공제율을 적용하여 10년 이상 임대한 경우에는 일반적인 공제율에 10%를 추가로 공제해 준다.

보유기간은 양도자산의 취득일부터 양도일까지 계산하고, 상속받은 자산을 양도하는 경우에는 상속개시일부터 기산한다. 재건축을 한 경우의 보유기간은 ‘도시 및 주거환경 정비법’에 의한 재건축 주택을 양도하는 경우 멸실된 종전 주택의 보유기간과 재건축 기간, 재건축한 신주택의 보유기간을 합산하는 것이며, 1세대 1주택 비과세 판정시 거주 기간은 멸실된 종전주택에서의 실제 거주기간과 신주택에서의 거주기간을 합산한다.

장기보유특별공제는 이와 같이 최소 6%에서 최대 80%까지 받을 수 있으므로 주택을 양도할 때 장기보유특별공제율을 더욱 꼼꼼히 따져야 할 것이다.

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